Hija del maestro Jaime Botero, comenzó con El fantasma de Canterville, en 1971, al lado de Carlos 'El Gordo' Benjumea, Maruja Toro, Enrique Pontón y Franky Linero. Reemplazó a Mariela Hijuelos, que murió durante la grabación de La vorágine (1975). Fue María Candia en La pezuña del diablo (1983), Yadira La Ardiente en Caballo viejo (1988) y Sándalo Daza en Música maestro (1990). Sus hermanos Oscar y Ana Cristina son actores. Viuda del director argentino David Stivel, ha sido también presentadora de noticias.
Debutó como actriz hace 36 años, cuando protagonizó la película La María, junto a Fernando Allende, y sigue vigente. María Cecilia Botero ha asumido el paso de los años con profesionalismo, dignidad y fortaleza, convirtiéndose así en una de las figuras más queridas de la farándula colombiana.
La inquieta y polifacética artista se destacó también como presentadora del noticiero CM& y como conductora del talk show Las tardes de Maria C. Desde hace unos meses retomó su rol de entrevistadora, pues forma parte del equipo madrugador del programa Día a día. Y como el tiempo parece rendirle mucho más que a los simples mortales, María Cecilia no ha descuidado su vocación de maestra y dirige la Academia.